2020年7月6日

tidyverse|數據分析常規操作-分組匯總(sumamrise+group_by)

摘要:| 本文首發于 “生信補給站” https://mp.weixin.qq.com/s/tQt0ezYJj3H7x3aWZmKVEQ 使用tidyverse進行簡單的數據處理: 盤一盤Tidyverse| 篩行選列之select,玩轉列操作 盤一盤Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 閱讀全文

posted @ 2020-07-06 22:58 生信補給站 閱讀(53) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年6月17日

ComplexHeatmap|根據excel表繪制突變景觀圖(oncoplot)

摘要:本文首發于“生信補給站”:https://mp.weixin.qq.com/s/8kz2oKvUQrCR2_HWYXQT4g 如果有maf格式的文件,可以直接oncoplot包繪制瀑布圖,有多種展示和統計maftools | 從頭開始繪制發表級oncoplot(瀑布圖)和maftools|TCGA腫 閱讀全文

posted @ 2020-06-17 18:51 生信補給站 閱讀(92) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年6月4日

Tidyverse| XX_join :多個數據表(文件)之間的各種連接

摘要:本文首發于公眾號:“生信補給站” Tidyverse| XX_join :多個數據表(文件)之間的各種連接 前面分享了單個文件中的select列,filter行,列拆分等,實際中經常是多個數據表,綜合使用才能回答你所感興趣的問題。 本次簡單的介紹多個表(文件)連接的方法。 一 載入數據,R包 lib 閱讀全文

posted @ 2020-06-04 21:47 生信補給站 閱讀(81) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年5月9日

LDheatmap | SNP連鎖不平衡圖(LD)可視化,自己數據實現版!

摘要:本文首發于“生信補給站”,https://mp.weixin.qq.com/s/Gl6BChxSYbSHMo9oMpufPg 連鎖不平衡圖,用來可視化不同SNP之間的連鎖程度,前同事間俗稱“倒三角”圖。 本文使用自己的數據,因為安裝R包后使用內置數據集運行出結果較容易,但是自己的數據就可能會有一些不 閱讀全文

posted @ 2020-05-09 10:31 生信補給站 閱讀(192) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年4月28日

Tidyverse|數據列的分分合合,愛恨情仇

摘要:Tidyverse|數據列的分分合合,愛恨情仇 本文首發于“生信補給站”Tidyverse|數據列的分分合合,一分多,多合一 TCGA數據挖掘可做很多分析,前期數據“清洗”費時費力但很需要。 比如基因列為ID的需要轉為常見的symbol,基因列為symbol|ID的就需要拆開了! excel分列可以 閱讀全文

posted @ 2020-04-28 23:19 生信補給站 閱讀(128) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年4月16日

R-ggpmisc|回歸曲線添加回歸方程,R2,方差表,香不香?

摘要:本文首發于“生信補給站”,https://mp.weixin.qq.com/s/_rTWJHcbUu2Eqtex74gUBA 散點圖繪制回歸曲線很常用,那么添加上回歸方程,P值,R2或者方差結果表等可以展示更量化的信息。 那加起來復雜嗎?還真不一定! 一 載入數據和R包 使用內置數據集 librar 閱讀全文

posted @ 2020-04-16 21:30 生信補給站 閱讀(534) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年3月27日

R-rbind.fill|列數不一致的多個數據集“智能”合并,Get!

摘要:本文首發于"生信補給站",https://mp.weixin.qq.com/s/aUdleBXDwUUpxGOONllyiA Q:多個數據集,列數不一致,列名也不一致,如何按行合并,然后保留全部文件的變量并集呢? A:使用 rbind.fill 函數試試! 數據集按列合并時,可以根據merge 或者 閱讀全文

posted @ 2020-03-27 22:11 生信補給站 閱讀(219) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年3月17日

R|tableone 快速繪制文章“表一”-基線特征三線表

摘要:首發于“生信補給站” :https://mp.weixin.qq.com/s/LJfgxbTqsp8egnQxEI0nJg 生物醫學或其他研究論文中的“表一”多為基線特征的描述性統計。使用R單獨進行統計,匯總,然后結果復制到excel表中,耗時耗力且易錯! tableone包“應運而生”,可以非常簡 閱讀全文

posted @ 2020-03-17 12:36 生信補給站 閱讀(588) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年3月12日

R|生存分析 - KM曲線 ,值得擁有姓名和顏值

摘要:本文首發于“生信補給站”:https://mp.weixin.qq.com/s/lpkWwrLNtkLH8QA75X5STw 生存分析作為分析疾病/癌癥預后的出鏡頻率超高的分析手段,而其結果展示的KM曲線也必須擁有姓名和顏值! 生存分析相關推文: 生存分析和KM曲線:R|生存分析(1) 分析結果一鍵 閱讀全文

posted @ 2020-03-12 21:32 生信補給站 閱讀(1031) 評論(0) 推薦(0) 編輯

2020年3月2日

盤一盤Tidyverse| 只要你要只要我有-filter 篩選行

摘要:首發于“生信補給站” ,https://mp.weixin.qq.com/s/l9Ci7wREQWpEV5dTvKuoHg,更多的R統計,繪圖,生信,請移步🤭 上篇根據 msleep數據集,介紹了列的操作,盤一盤Tidyverse| 篩行選列之select,玩轉列操作 本文盤一盤行的篩選,🤭! 閱讀全文

posted @ 2020-03-02 09:47 生信補給站 閱讀(78) 評論(0) 推薦(0) 編輯

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